Türkiye Kupası 1.Kademe'de; 2008-2009 sezonunda TFF 2.Lig yükselme grubunda oynayan 10 takım, TFF 2.Lig klasman gruplarını ilk 2 sırada tamamlayan toplam 10 takım, TFF 3.Lig yükselme grubundaki 10 takım ve TFF 3.Lig klasman gruplarını lider tamamlayan 5 takımdan oluşan toplam 35 takım, bölgesel gruplar halinde tek maç eleminasyon sistemine göre maç yapacak. Tur atlayan 17 takım ile bay çeken 1 takım, 2.kademeye yükselecek.
Türkiye Kupası 2.Kademe'de; 2008-2009 sezonunda Turkcell Süper Lig'i son 3 sırada tamamlayan takımlar, yine aynı sezon Bank Asya 1.Ligi'nde oynayıp Turkcell Süper Lig'e çıkamayan 15 takım ile 1.kademede tur atlayan 18 takımdan oluşan toplam 36 takım, bölgesel gruplar halinde tek maç eleminasyon sistemine göre maç yapacak. Tur atlayan 18 takım, play-off turuna yükselecek.
Türkiye Kupası play-off turunda; 2008-2009 sezonunda Turkcell Süper Lig'de 4-15 derecesi alan ve son kupa şampiyonu olan takımın hariç tutulduğu 11 takım, aynı sezon sonunda Turkcell Süper Lig'e katılmaya hak kazanan 3 takım ile 2.kademede tur atlayan 18 takımdan oluşan toplam 32 takım, seri başı uygulaması olmadan tek maç eleminasyon sistemine göre maç yapacak. Tur atlayan 16 takım, gruplara yükselecek.
2008-2009 sezonunda Turkcell Süper Lig'de ilk 3 sırayı alan takımlarla, sezonu Fortis Türkiye Kupası şampiyonu olarak tamamlayan takım seri başı olduklarından eleme turları oynamadan gruplara kalacak. Eğer Türkiye Kupası şampiyonu, ligi de ilk 3 sırada tamamlamışsa, bir önceki sezon Türkiye Kupası'nda final oynayan diğer takım seri başı olacak. Kupa finalisti de ligi ilk 3'te tamamlamışsa lig 4'üncüsü seri başı olmaya hak kazanacaktır.
Böylece 20 takım, beşerli dört grupta yer alacak. Her grupta ilk 2 sırayı alan toplam 8 takım çeyrek finale kalacak. Çift maçlı eleminasyon sistemine göre oynanacak çeyrek final maçlarında üstünlük sağlayan 4 takım yine çift maçlı eliminasyon sistemine göre yarı final maçları oynayacak. Yarı finalde başarılı olan 2 takım tek maçlı eleminasyon sistemine göre ve tarafsız bir sahada Türkiye Kupası final maçını oynayacak.